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常用命令

下载网络文件

wget是linux下一个从网络上自动下载文件的常用自由工具。它支持HTTP，HTTPS和FTP协议，可以使用HTTP代理。一般的使用方法例如：

wget http://www.linuxsense.org/xxxx/xxx.tar.gz

-c参数, 这个也非常常见, 可以断点续传, 如果不小心终止了, 可以继续使用命令接着下载，例如：

wget -c http://www.linuxsense.org/xxxx/xxx.tar.gz

-P：保存文件之前先创建指定名称的目录。

wget -P /home/myfile  http://releases.ubuntu.com/18.04/ubuntu-18.04.5-desktop-amd64.iso

-O：下载并自定义文件名保存。

wget -O wordpress.zip http://www.centos.bz/download.php?id=1080

-b：后台下载

wget -b http://releases.ubuntu.com/18.04/ubuntu-18.04.5-desktop-amd64.iso
Continuing in background, pid 1840. 
Output will be written to `wget-log’.

可以使用以下命令来察看下载进度：

tail -f wget-log

curl

语法：curl [option] [url]

常见选项：

-b/--cookie <name=string/file>    	 cookie字符串或文件读取位置
-c/--cookie-jar <file>               操作结束后把cookie写入到这个文件中
-C/--continue-at <offset>            断点续转
-o/--output                          把输出写到该文件中
-O/--remote-name                     把输出写到该文件中，保留远程文件的文件名
-#/--progress-bar                    进度条显示当前的传送状态

使用示例：

curl http://www.baidu.com
curl -O http://www.baidu.com/hello.sh
curl -# -o baidu.html http://www.baidu.com
curl http://www.baidu.com -c cookie.txt
curl http://www.baidu.com -b cookie.txt

因为服务器没有可视化的浏览器界面，如果一些数据需要登录才能下载，会很麻烦。解决方法是在本地浏览器上把cookie找出来（Chrome浏览器按 F12 + 应用 + 存储 + cookie）。有的时候 cookie 很多需要清洗成固定的格式（key1=val1;key2=val2）可以自己写个小程序来清洗：

import os
with open('cookie1.txt', 'r', encoding='utf-8') as f:  # 待清洗
    with open('cookie.txt', 'w', encoding='utf-8') as f2:  # 清洗后
        for line in f:
            line = line.strip()
            parts = line.split()
            print(parts[0], parts[1])
            f2.write(parts[0] + '=' + parts[1] + ';')

然后使用 curl -b 选项在服务器上下载数据。

curl -b "。。。。。" -O https://physionet.org/content/mimiciii/1.4/ADMISSIONS.csv.gz -#

nohup

nohup 是一个在 Unix 和类 Unix 操作系统上用来忽略挂断信号，从而让程序在后台持续运行的命令。它的名称代表"no hang up"（不挂起）。

使用 nohup 的基本语法如下：

nohup command [arg ...] &

其中，command 是你要运行的命令，arg 是命令的参数。& 符号表示将命令放入后台执行。

例如，要在后台运行一个长时间执行的脚本文件 script.sh，你可以这样使用 nohup：

nohup ./script.sh &

这将使 script.sh 在后台运行，并且不受挂断信号的影响。执行后，nohup 会在当前目录下生成一个名为 nohup.out 的文件，用于存储命令的输出。

  • 查看上一个命令的进程号：echo $!

  • 查看后台运行程序：ps aux

Screen

与nohup类似，可以长时间运行程序，但是提供了更多的灵活度。例如，可以随时返回与程序交互

  • 创建新会话：screen -S <session_name>

  • 分离当前会话：Ctrl+A 然后 D

  • 列出所有会话：screen -ls

  • 恢复会话：screen -r <session_name or PID>

  • 强制踢掉前一个用户连接会话：screen -D -r <session_name or PID>

  • 彻底终止会话：重连进去，Ctrl+C停掉程序，然后输入exit

Anaconda

Anaconda 是一个用于科学计算的 Python 发行版，支持 Linux, Mac, Windows, 包含了众多流行的科学计算、数据分析的 Python 包。

类似于Ubuntu是Linux的发行版，你基本不会直接去使用Linux，而是选择一个发行版，如Ubuntu/CentOS/RedHat/Debian等，因为发行版已经提供了基础的组件、库和应用，使用非常简单方便。

所以，想要学习Python的同学，不要再纠结python2/python3等种种版本了，也不要再纠结各种包的管理和代码移植性问题了。这些统统交给Anaconda。

Miniconda和Anaconda都是基于Conda的包管理器和环境管理系统，它们之间的主要区别在于规模和默认安装内容。

  • Miniconda是一个精简版的发行版，只包含了Conda和必要的系统依赖项。它的下载文件相对较小，安装后只有基本的功能，用户可以根据需要手动安装所需的软件包和工具。

  • Anaconda则是一个完整的发行版，除了Conda和系统依赖项外，还包括了大量的预安装软件包、库和工具，例如Python解释器、科学计算库（如NumPy、SciPy）、数据处理工具、图形界面等。Anaconda的下载文件较大，安装后直接获得了广泛使用的科学计算和数据分析所需的资源。

Anaconda 安装包下载地址：https://www.anaconda.com/download。Linux安装conda命令

查看 conda 版本：conda --version

基本命令：

  • 根据requirements.txt 创建环境conda create --name <env> --file requirements.txt

  • 创建名字是MulEHR 的conda环境：conda create -n MulEHR python=3.8

  • 配置和初始化bash，通常在创建后，激活前完成，初始化要重新启动shellsource ~/.bashrc：conda init bash

  • 激活环境：conda activate MulEHR

  • 要退出当前环境：conda deactivate

  • 查看所有环境：conda env list

  • 复制环境：conda create --name myclone --clone myenv

  • 指定位置创建环境：conda create -p /dev/conda_envs/new_env python=3.12

  • 删除环境：conda env remove --name myenv

在较新版本的Conda中，source activate和conda activate两者实际上是等效的，都用于激活环境。source activate是在较早的Conda版本中使用的语法，而conda activate是在更新的版本中引入的新语法，目的是更加简洁和一致。因此，在使用最新版本的Conda时，建议使用conda activate命令。

如果 conda create 有http连接失败，修改~/.condarc，改为以下内容：

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - defaults
show_channel_urls: true

在使用conda环境时，通常情况下，使用pip安装的包会安装在当前活动的conda环境中，而不会影响其他环境。每个conda环境都有自己独立的包安装路径和环境变量，因此在一个环境中安装的包不会对其他环境产生影响。

ssh

ssh-keygen -t rsa -f ~/.ssh/yourname.id_rsa
vi ~/.ssh/config
cat /home/work/.ssh/yourname.id_rsa.pub

服务器信息

  • 版本：cat /etc/issue

  • gpu：nvidia-smi 、nvitop

  • cpu：cat /proc/cpuinfo | grep name | cut -f2 -d: |uniq -c

  • 内存：free -h

  • 磁盘：df -h

其他

  • 端口占用：netstat -tlnp|grep 端口号

  • 最近某条命令：history |tail -100|grep "git push"

  • 查看防火墙状态： systemctl status firewalld

  • 递归查找文件：find /path/to/search -name "filename"

  • 在文件夹内，在特定深度下，统计文件大小：du -h --max-depth=N 目录名称

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